昨年のデータで念のためもう一度年調計算ボタンを押していただき、
設定→締日で年末調整の計算方法が給与(翌1月で支給)となっていることを確認します。
繰越処理（旧システム：更新）をして翌期のデータを作成し、
1月の給与明細の集計欄に年末調整の項目があることを確認してください。