条件設定の画面にて、科目出力順を変更して出力してみてください。

旧システムがInterKX財務会計の場合は、IKX用の科目出力順、
旧システムが財務応援の場合は、応援用の科目出力順を選択して出力していただくと、以前の出力に準じた形で出力していただくことが可能です。