データ共有を利用されていて、一方で繰越後、もう一方では繰越後のデータを一度もダウンロードせず、そのまま翌年データを繰越、共有解除されたタイミングでサーバー上の最新のデータがダウンロードされないため繰越済の表示が消えた可能性があります。

繰越処理前に共有解除される(2期前データ)を選択してダウンロードしてください。