自動連動の法定調書等データ取込で「法定調書等」「給与支払報告書」両方にチェックを入れて取り込みしたとき、一方の手続きでエラーが発生すると「出力できない電子申告用ファイルがあります。」のメッセージのみ表示されます。

その後に表示される取込結果画面を確認してください。
取込結果画面を閉じ、エラーが発生している方の手続きを単独でチェックして再度取り込むと、エラーの発生原因がわかります。