次の設定箇所を確認してください。

■「帳票」タブの「総勘定元帳」で「初期設定１」タブにある「科目別明細出力方法」の「設定」ボタンを押して、該当の科目が「明細」になっているかを確認してください。「日計」「月計」では出力されません。

■「設定」タブの「会社基本情報変更」で「消費税情報」の「月末税抜元帳出力区分」が「月末税抜元帳」または「税込み」になっているかを確認してください。
「取引毎税抜元帳」の設定では、0円の仕訳を出力できません。