科目の自動集約するは、決算書が１ページに収まらないときに、自動で集約するモードです。（この設定の上にある「科目の集約」を「する」にすると選択ができます。）
科目集約する、しないの設定は、出力順で出力されます。

勘定式決算書の「自動集約する」で行数がオーバーした場合、指定された科目をその他に集約して出力するか否かを指定するのが、集約する/しないです。
・科目の集約「集約しない」を選択すると、従来の全科目勘定式決算書（合計科目を明細科目に展開して出力する）として出力されます。
・「科目の集約する」の場合、自動集約の方法を選択します。「自動集約する」を選択すると、1ページに収まらない場合はその他流動資産、その他固定資産などの集約科目に集約します。集約の仕様は既存IKXと同じです。自動集約した結果1ページに収まらなかったら継続選択で複数枚に出力することが可能です。

(参考)
科目の自動集約を行った結果、各帳票が１頁に収まらない場合は次のようになります。
印刷対象科目が多いため自動編集できません。
集約不可能項目数
貸借対照表科目（資産）：　　ZZZ個
貸借対照表科目（負債）：　　ZZZ個
損益計算書　　　　　　　 ：     ZZZ個
販管費明細　　　　　　　 ：　　ZZZ個
原価報告書　　　　　　　 ：　　ZZZ個
印刷順序情報で科目・金額印刷編集区分または集約対象外科目の
見直しを行ってください。処理を継続しますか？
［はい］：印刷実行　　　［いいえ］：印刷中断
※「現金及び預金」など、一部の合計科目は展開されません。