地方税ポータルセンタ（電子申告）の仕様により、電子申告R4ではマイナス金額の場合に0を出力しています。

例） 第六号様式別表九を電子申告すると、「(1)控除前所得金額」や「(2)所得金額控除限度額」などが0で取り込まれます。

また、法人税R4と電子申告R4のプレビュー内容が異なることがありますが、
電子申告R4では受付側の仕様に合わせてプレビューを表示されているためです。

詳細は、法人税R4の【サポートページ】の［マニュアル］メニューの「電子申告マニュアル」より、
「電子申告出力と法人税R4の相違点」のページで、該当する項目の内容をご確認ください。